Certaines cyanobactéries produisent des toxines (cyanotoxines). Lorsque les cyanobactéries sont trop abondantes dans le plan d’eau elles peuvent être nuisibles à la santé. Certaines toxines peuvent causer des irritations de la peau, des yeux et de la gorge. Elles peuvent produire aussi des maux de ventre, diarrhée, vomissement, maux de tête et fièvre.